La Ley de Conservación de la Naturaleza de Castilla-La Mancha (Ley 9/1999) establece la necesidad de poner en práctica planes de conservación para las especies de fauna y flora silvestres amenazadas, con el objetivo de garantizar su protección y conservación, así como la de los ecosistemas que habitan y de las áreas necesarias para ellos. Existen en Castilla-La Mancha 13 planes de conservación aprobados (7 de flora y 6 de fauna).
En junio de 2020 se abrió el proceso de participación pública para la revisión de los planes de recuperación del lince ibérico y el águila imperial y del plan de conservación del buitre negro, especies emblemáticas de la región. Los planes se encuentran en proceso de elaboración del borrador.
La Comisión Europea aprobó en mayo de 2020 el proyecto Life Lynx Connect de reintroducción del lince ibérico, en el que participa Castilla-La Mancha, con una aportación de más de 18,7 millones de euros. En abril de 2021 se inauguraron las nuevas instalaciones del Centro de Recuperación de Fauna Silvestre de ´El Chaparrillo´, en Ciudad Real, con una inversión de cerca de 50.000 euros. En 2021 nacieron en libertad 208 cachorros de lince, situándose el censo regional por encima de los 473 ejemplares. La Resolución de 12/04/2022, por la que se declaran las zonas de presencia estable y reproductora del lince ibérico en Castilla-La Mancha contribuye a la conservación de la especie.
En 2020 se da la bienvenida a dos nuevas especies en nuestra región: la cerceta pardilla, reintroducida en el complejo lagunar de Alcázar de San Juan, y el quebrantahuesos, que ya sobrevolaba ocasionalmente la Sierra del Segura, ahora también lo hace en el Alto Tajo.
En noviembre de 2020 se publicó el decreto que declara la Zona de Especial Conservación para las Aves (ZEPA) Colonias de cernícalo primilla en iglesias de Almodóvar del Campo y Tirteafuera (Ciudad Real), primera ZEPA urbana de la región, para protección del hábitat de reproducción de cernícalo primilla, especie incluida en el Catálogo regional de Especies Amenazadas en la categoría de vulnerable.
Respecto a las especies exóticas invasoras en mayo de 2019 se suscribió el convenio de colaboración con la Universidad de Castilla-La Mancha para realización de estudios conjuntos para la mejora del conocimiento de las especies alóctonas, así como el diseño y validación de una herramienta común de alerta temprana, finalizado en diciembre de 2020. La documentación aportada supone el soporte científico del plan de control de especies exóticas invasoras de Castilla-La Mancha.
En junio de 2021 da inicio el proceso participativo del Plan Regional de control de Especies Exóticas Invasoras de Castilla-La Mancha. En noviembre de 2021, se cuenta con el informe de retorno de resultados y el informe final. De la misma forma, está en revisión el Plan Regional de lucha contra el uso ilegal de venenos en el medio natural.
Existe un centro por provincia para la protección de especies protegidas. Entre sus funciones está la lucha contra el uso ilegal del veneno en el medio natural, la detección de enfermedades emergentes como la malaria aviar o la leucemia felina, el apoyo a la conservación de especies en el medio natural por causas de muerte no natural y el fomento de la educación ambiental.
En octubre de 2021 se presentó el Plan Regional de Centros de Fauna Silvestre de Castilla-La Mancha.
En abril de 2022 la Fundación del Jardín Botánico de Castilla-La Mancha se convierte en el centro depositario preferente de material genético de flora protegida regional y en centro oficial de referencia, estableciendo los cimientos para el desarrollo de la Red de Recursos Genéticos de Flora Silvestre Amenazada y Protegida de Castilla-La Mancha.
En mayo de 2022 se pone en marcha la segunda unidad canina del cuerpo de agentes medioambientales, enmarcada en el Plan Regional de lucha contra el uso ilegal del veneno.
