La Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha colabora constantemente con todas las instituciones, nacionales y comunitarias, en la correcta gestión de los recursos hídricos que permitan una sostenibilidad ecológica, medioambiental y socioeconómica que permita el desarrollo de los distintos territorios sin amenazar la solidaridad y el equilibrio interterritorial y los derechos de las cuencas cedentes.
Los Planes de restauración de hábitat en la margen del Tajo se fundamentan en los Planes de Gestión de los espacios de la Red Natura incluidos en la cuenca y en el Plan Director de la Red para la recuperación de los hábitat de interés comunitario, a lo largo de la cuenca, fuera de esos espacios Red Natura. Todos los Planes de Gestión de los 39 espacios (14,86 % de la superficie de la cuenca y el 57 % de la longitud) se encuentran elaborados (aprobados 32 y pendientes 7).
El Plan Director comprende las medidas de protección de los hábitat de interés en la cuenca del río Tajo fuera de los espacios de la Red Natura.
Se ha ejecutado la evaluación del estado de conservación de los hábitats de interés comunitario ligados al río Tajo y estudiado el régimen de caudales ambientales necesario para la conservación de los tipos de hábitat y especies de flora y fauna de interés comunitario en el río Tajo.
Por otra parte, se ha publicado la Resolución de 8 de marzo de 2017, de la Viceconsejería de Medio Ambiente, por la que se aprueba el Programa de Inspección Medioambiental de Castilla-La Mancha para el año 2017.
El Gobierno regional está retomando los proyectos de estaciones depuradoras paralizados durante la pasada legislatura e impulsando un Plan Regional de Depuración, con una inversión prevista superior a los 450 millones de euros para llevar a cabo más de medio millar de proyectos de depuración de aguas repartidos por las cinco provincias de la región.